En la Reserva de la Biosfera de Urdaibai se diferencian dos áreas: los montes que perfilan la zona, con sus cimas y laderas, y es estuario, con una extensa zona de contacto con el mar. Aquí se dan cita numerosos ecosistemas que se originan gracias a las condiciones que reúne el medio y que agrupan comunidades particulares de fauna y vegetación, con presencia de especies muy relevantes.

Arenales costeros:

          Muy importantes en Urdaibai a pesar de su pequeña superficie, ya que las plantas presentes son únicas; se sitúan en la franja costera y están muy degradados  por  la fuerte presión humana.            

      Las condiciones ambientales son extremas: fuertes oscilaciones térmicas, gran sequedad y continua acción del viento; la distancia al mar condiciona su estructura. La fauna es muy escasa, limitada básicamente a invertebrados.

Landas costeras:

          Son formaciones compuestas principalmente por brezales, argomales y helechales, que ocasionalmente dan paso al encinar o al robledal; están próximas al litoral, prácticamente sobre los acantilados costeros. Es un medio pobre para la fauna, por la dureza quizás de las condiciones donde se desarrolla, y que alberga especies propias de los espacios abiertos.

Litoral:

          Presenta fuerte pendiente y condiciones extremas: aporte de sales del mar, azote del viento y escasez de suelo; destacan los acantilados de Ogoño y la isla de Izaro. Únicamente algunas plantas y aves pueden vivir en este medio; las plantas son escasas, pero resistentes, y se disponen de un gradiente según su capacidad de resistencia; crían varias aves, como cernícalo, lechuza, gaviota argéntea y cormorán moñudo

Marisma:

          Con un elevado grado de diversidad , exclusividad y rareza de especies, es la zona húmeda más importante del País Vasco, donde cada vez son más escasos estos ambientes. Según el lecho y el predominio de aguas saladas o dulces, viven diferentes especies. Alberga numerosas aves, sobre todo en los periodos de migración e invernada. La presencia de especies emblemáticas, como la espátula, es habitual en este periodo.

Campiña:

          Es el área ligada a la explotación del caserío. Presenta una gran diversidad ecológica debido a la alternancia de pequeñas masas forestales y landas con prados y  cultivos, que en ocasiones se encuentran delimitados por setos vivos.

          Debido al retroceso del sector primario, la campiña sufre un proceso de homogeneización y empobrecimiento, con predominio de pinares.

 

Plantaciones forestales:

          La mayoría corresponden a coníferas y eucaliptos, ocupan la mayor parte de la superficie de la Reserva. La uniformidad del medio y el corto ciclo de tala a que están sometidas, hacen que el número de especies presentes sea reducido; provoca también ausencia de estratos de vegetación y escasez de micro-hábitats, por lo que su interés ecológico es escaso. La mayor parte de las especies presentes son de carácter ubiquista o forestal.

Bosque de galería:

          Se desarrolla al amparo de los cursos de agua, e incluye tanto el propio cauce como la banda de vegetación que lo bordea. Los suelos suelen ser húmedos y la comunidad presenta una gran variedad de árboles y arbustos acompañantes; la fauna ligada es rica. Entre la zona de cabecera y la zona final, las diferencias son manifiestas, tanto en el tipo de especies vegetales, como de fauna, sobre todo piscícola.

Encinar cantábrico:

          Se asienta sobre sustrato calizo, donde apenas hay suelo y el ambiente es muy seco, ya que el agua procedente de la lluvia penetra en el suelo calizo altamente permeable. Cuentan con árboles poco desarrollados y zonas clareadas donde el sotobosque es muy denso y predomina el madroño. La falta de agua y lo impenetrable que es en muchos lugares excluye a muchas especies, como los anfibios; este medio favorece a algunas especies forestales, a la vez que sirve de refugio a numerosos grandes mamíferos.