La historia de Uncastillo se remonta a la propia gestación y desarrollo del Reino de Aragón. Las primeras referencias históricas al enclave de Uncastillo, nombre que deriva del medieval Unum Castrum, nos remiten a los inicios del siglo X, cuando fue levantado el castillo bajo el dominio del rey pamplonés Sancho Garcés I. Pasó entonces a formar parte de la frontera navarra oriental con territorio musulmán siendo escenario de ataques importantes dirigidos por el propio califa Abd al-Rahman III.
Es a partir del siglo XI cuando Uncastillo pasa a formar parte del Reino de Aragón, adquiriendo un valor estratégico en relación a Navarra. La fijación de las fronteras entre los dos reinos dio lugar a momentos críticos, aunque la población siempre mantuvo su fidelidad al rey Ramiro II. Sin embargo, en cuestiones religiosas, seguiría dependiendo del obispado de Pamplona hasta 1785.
El apogeo de Uncastillo se da en el siglo XII. Vino motivado principalmente porque gozaba de una situación privilegiada con la Iglesia de Santa María, cabeza principal del arciprestazgo de la Valdonsella y segunda sede del obispado. Además, Uncastillo era lugar de paso de una de las vías secundarias hacia Santiago de Compostela, lo que provocó un desarrollo urbanístico paralelo a la construcción de Iglesias y a la llegada de nuevos pobladores. La estructura urbana apenas ha sido modificada desde entonces.
Vista panorámica del pueblo
En 1259 Jaime I concedió franquicia con exención de tributos a los nuevos pobladores judíos que llegaban. La judería ocupaba la actual calle Barrio Nuevo. Cerca del llamado puente de los judíos, zona donde se encuentran las piscinas y el pabellón polideportivo, han sido hallados los restos de la necrópolis de esta comunidad.
En 1363 Uncastillo fue elegido por Pedro IV como marco para la firma de un Tratado de Alianza con el rey navarro Carlos II frente a Castilla. El pacto tuvo lugar probablemente en el palacio que Pedro IV mandó construir en el castillo. Posteriormente, en 1420, Martín "el Humano" concedió la hidalguía a Uncastillo.
A mediados del siglo XVI la villa volvió a vivir momentos de esplendor económico y cultural. En 1543 fue fundado un Estudio de Artes donde impartió clases el destacado gramático Pedro Simón Abril. Fue también a comienzos de este siglo cuando nace en Uncastillo el obispo Pedro del Frago Garcés, quien realizó estudios de Teología en la Universidad de París, doctorándose además como Maestro de Artes. Es autor de epistolarios y libros religiosos, además de un destacado humanista versado en textos clásicos como atestigua su magnífica biblioteca de más de dos mil ejemplares. Sus restos reposan en la Iglesia de la villa dedicada a San Andrés.
Las noticias que existen de Uncastillo en las centurias siguientes están en su mayor parte relacionadas con distintos conflictos históricos. Entre ellas destaca la fecha de 1708, año en que Felipe de Anjou otorgó a la población el título de Villa Fidelísima como premio al apoyo recibido en la contienda sucesoria. Durante la guerra de la Independencia la zona fue paso habitual de tropas, y las guerras carlistas trajeron consigo parte de la demolición del castillo.
