Star Wars: Episodio Dos tiene lugar 10 años después que La Amenaza Fantasma. Según el texto del comienzo, la Reina Amidala ha sido reemplazada como Reina de Naboo por la Reina Jamillia. Ahora, lleva su nombre de nacimiento, Padmé Naberrie, y sirve como Senadora de Naboo en el Senado Intergaláctico de Coruscant. También conocemos la historia del Conde Dooku, un venerable Maestro Jedi perteneciente a uno de los "20 perdidos"; abandonó la Orden Jedi por estar en desacuerdo con los métodos del Consejo. Ahora es un magistrado real (adquiriendo el título de "Conde") del planeta de agua Kamino. Mientras, el Canciller Palpatine planea crear una armada de clones a través de la legislación del Senado, pero la joven senadora Padmé se opone totalmente a esta idea...
I: Eventos en Coruscant
¿Atentado?
La nave real de Naboo llega a Coruscant acompañada por varios cazas. Mientras Padmé y sus protectores bajan por la rampa de aterrizaje se produce una gran explosión. La nave es destruída y todos los cuerpos aparecen tendidos muertos.... pero Padmé no fue quien salió de la nave; fue su señuelo y acompañante, Cordé. Padmé, que volaba en uno de los cazas de escolta, se dirige corriendo hacia su doncella, pero Cordé muere en sus brazos: "Lo siento, señorita... yo... no estoy segura, yo...". Mientras Padmé, rotunda, afirma: "No debí haber vuelto..."
Padmé se dirigía a la votación del Canciller Palpatine para la proposición de crear una fuerza defensiva de clones, pero ahora se pregunta si debería ir; la muerte de Cordé la ha aturdido. Acompañada por el capitán Typho y R2-D2 (que no fue alcanzado por la explosión), Padmé decide ir al Senado. La cazarrecompensas Zam Wessell fue la causante del atentado, pero ellos no lo saben.
Mientras, el Canciller recibe confirmación de Zam de que ya ha matado a Padme (Zam cree que Cordé era Padmé), por lo que Palpatine anuncia la "trágica y frustrante noticia" de que la senadora ha sido asesinada... Palpatine afirma que la votación para la fuerza de clones para la República se debe hacer ya mismo, debido a que Padme podría haber salvado su vida con la protección de esta fuerza, y no haber conocido un final tan violento... al igual que le puede pasar a la República.
Se aprueba la proposición, y comienza la producción masiva de clones. Estos clones acabarán llamándose tropas clónicas (Clonetroopers), e irán sustituyendo a la vasta fuerza defensiva de la República.
Movimientos Ocultos
Darth Sidious queda con su nuevo aprendiz de Sith, Darth Tyranus, en Coruscant. Tyranus es el alter-ego del Conde Dooku, una venerado Maestro Jedi, que actualmente es el magistrado real que gobierna un pequeño planeta. Bajo las órdenes de Sidious, Tyranus se ha aliado con Poggle (un alien de la especie Lesser) que fabrica armadas de androides y las vende a organizaciones como la Federación Comercial. Tyranus y Poggle planean crear un armada de androides y clones para destruir a los caballeros Jedi... Sidious intentará construir esta armada de clones bajo una legislación vigente, bajo el personaje del Canciller Palpatine... para instigar la creación de la Fuerza Defensiva de Clones en el Senado, ingeniará un ataque sobre Coruscant... Mientras, Jango Fett, un cazarrecompensas que trabaja para el Conde Dooku, ha hecho un trato con él para que de sea de él mismo quien se coja la muestra genética para crear la armada. Jango le pide algo a cambio: el primer clon creado sería para él - un joven chico al que llama Boba Fett y toma como su hijo.
Asesinos en las Sombras...
Padme sabe que su vida está en grave peligro, y no cree que su guardia personal, Capitán Typho, pueda ofrecer suficiente protección. El Consejo Jedi manda a dos Caballeros Jedi: Obi-Wan Kenobi y a su aprendiz Anakin Skywalker, para proteger a la joven senadora.
Se produce un nuevo intento de asesinato sobre la joven senadora a cargo de la cazarrecompensas, Zam Wesell, en el mismo edificio del Senado. Afortunadamente, el intento es fallido gracias a los Jedi... pero Zam escapa. Obi-Wan y Anakin comienzan a perseguir a Zam a través de las calles de Coruscant.
La cena en Dex's / Entra Jango Fett
Obi-Wan y Anakin siguen la pista a Zam Wesell por las calles del nivel inferior de Coruscant hasta llegar a un club nocturno, "Dex's Diner". El portero alienígena de la puerta no deja entrar a los dos Jedi; así que Obi-Wan usa la Fuerza sobre él ("Nos dejarás entrar..."), y el alien les abre paso. Dentro encuentran a Zam y acaban rodeándola en un callejón trasero. Intentan interrogarla, pero antes de que pueda responderles nada, es disparada desde las sombras... Jango Fett le ha disparado un dardo (ahora, la información que ella poseía está a salvo) y Jango escapa en la oscuridad.
Encuentro con el Consejo Jedi
Después de una reunión urgente del Consejo Jedi, mandan a Anakin Skywalker acompañar a la senadora Padmé a su planeta natal de Naboo, donde, ellos creen, estará a salvo. El Consejo, por otra parte, manda a Obi-Wan a investigar el intento de asesinato sobre la senadora Padmé. Las pistas les llevan hasta el planeta acuático de Kamino.
Anakin y Padme más unidos / La familia de Padme
Padmé y Anakin viven en Naboo lo que podría parecer unas vacaciones. Ambos disfrutan de la paz de Naboo. Padmé y Anakin pasean por las zonas de clase media done ella vivió su infancia. Los dos jóvenes amigos comienzan lo que parece un romance... Padmé presenta a Anakin a su familia (los padres Jobal y Ruwee, y tres hermanas). Anakin pasa el día con la familia Naberrie y se dirige a pasar la noche en la habitación de invitados.
Los archivos del Templo Jedi
En el Templo de Jedi de Coruscant, Obi-Wan y la bibliotecaria Jedi Jocasta Nu, conversan en la biblioteca; una gran habitación repleta de reliquias y artefactos históricos de Jedis. Ambos discuten la implicación del planeta del Conde Dooku (Kamino) en la corrupción del Senado, y la posibilidad de que el venerado Maestro haya sido seducido por el Lado Oscuro. Jocasta comenta a Obi-Wan que si Dooku en realidad ha dejado el Lado Luminoso, sería una gran amenaza para la República.
Kamino / Planes para una armada clónica
Kamino es un planeta gigante oceánico de cuyos cielos oscuros cae constantemente la lluvia. Las ciudades se encuentras situadas por encima del mar sobre enormes soportes que se construyen desde el suelo oceánico. Los nativos kaminoanos son gente alta con aspecto de pez.
El Primer Ministro de Kamino recibe a Obi-Wan con los brazos abiertos, e invita al Jedi a investigar todo lo necesario, y hace su estancia lo más cómoda posible. Dooku avisa a Jango Fett de la presencia del Jedi y ordena vigilarlo.
Sin embargo, la investigación de Obi-Wan fructifica de tal manera que descubre los planes de Dooku para producir una enorme armada de clones. El maestro Jedi avisa al consejo con las noticias; Mace Windu le previene de una guerra.
También encuentra a Jango Fett con su "hijo" de 12 años, Boba, y descubre que Jango era la fuente de la que tomaron la muestra genética para la armada. También se da cuenta que ¡Dooku se ha pasado al Lado Oscuro y lleva el nombre de Darth Tyranus!
Jango Fett ataca
Cuando el Jedi descubre los planes, sigue a Jango hasta su Esclavo I, en donde espera a su hijo Boba. Jango y Obi-Wan se enfrentan a muerte. Jango se las ingenia para escapar y despega en su nave personal con su hijo. Pero Obi-Wan consigue colocar un localizador antes de que la nave desparezca en el firmamento.
Obi-Wan decide partir de Kamino y seguir a Jango para descubrir hacia dónde se dirige...
Visión del futuro
En Naboo, Anakin se revuelve en su cama... tiene una visión de su madre en grave peligro en Tatooine. Esa mañana, Padmé entra en la habitación y le ve meditando en el balcón. Anakin le cuenta la visión y su deseo de ir a Tatooine para prevenir ese posible peligro a su madre, Shmi.
Al mismo tiempo, hay otro intento de asesinato sobre Padmé... escapa por los pelos. Anakin decide que deben volar hacia Tatooine para encontrar a su madre, y que Padmé debe ir con él porque estará más segura allí. Anakin contacta con el Consejo Jedi e informa de que va a Tatooine con Padme. El Consejo no está de acuerdo en que se lleve a la senadora hasta allí porque estará más abierta a otro ataque. Anakin hace caso omiso de las advertencias del Consejo.
Anakin y Padmé viajan a Tatooine, y su relación sentimental va en aumento...
Anakin se enfrenta a Watto
En Mos Espa, Anakin se dirige a la chatarrería de Watto, pero se encuentra abandonada. Después de buscar por la ciudad descubre que Watto está en el palacio de Jabba; Watto ha perdido todo lo que poseía debido a las deudas de las apuestas. Anakin le interroga sobre su madre. Watto, intimidado ahora por su antigua esclavo) cuenta que debido a las deudas se vio forzado a liberar a Shmi, que más tarde se casó con un hombre llamado Cliegg Lars y viven juntos con el hijo de Cliegg (de una relación anterior), en una granja de humedad del desierto.
En la granja de Lars
Anakin y Padmé llegan a la granja de Lars, y encuentran a Cliegg con su hijo, Owen, y su novia, Beru Whitesun. Anakin charla con su nueva familia y encuentra a C-3PO aún sin la cubierta.
Cliegg y Owen cuentan a Anakin que Shmi ha ido al desierto en busca de una cosecha de grano especial. Anakin coge una motojet y comienza a buscarla, dejando a Padmé al cuidado de Cliegg y Owen. Un jawa apunta a Anakin en la dirección en la que ha podido ir Shmi.
Shmi es atacada por moradores de las arenas
Finalmente, Anakin ve a Shmi, en la distancia, enfrentada con un pequeño grupo de moradores de las arenas... ¡Shmi está a punto de fallecer por la paliza de la gente de las arenas! Anakin interviene y espanta a los tusken. Shmi desfallece por momentos cuando comprueba que se ha reunido con su hijo después de diez años. Intercambian algunas palabras y Shmi muere en los brazos de él... Anakin está devastado.
Persecusión en los asteroides
Mientras, en mitad de la galaxia, Obi-Wan continúa tras la estela de Jango en el espacio... Pero Jango se percata de su perseguiddor; así que lleva al Esclavo I hacia un campo de asteroides intentando deshacerse de él.
Aunque Obi-Wan no sea tan buen piloto como Anakin, esquiva asteroide tras asteroide. Después de unas maniobras, Jango cree que Obi-Wan ha desaparecido, así que continúa su viaje hacia su objetivo...
Geonosis y los Lessers / ¡La República en peligro!
Obi-Wan sigue la pista hasta un planeta rocoso e industrial llamado Geonosis; una enorme Nave de Control Droide orbita a su alrededor. Obi-Wan piensa que los Neimoudianos están envueltos en esta conspiración.
Aterriza sobre la superficie y descubre que Geonosis lo gobierna un alienígena llamado Poggle el Lesser. Poggle y los de su especie (geonosianos) construyen armadas droides en este planeta y las venden a organizaciones de todas las galaxias, como a la Federación Comercial.
Obi-Wan explora a través de riscos y llega hasta una gigante estalagmita que se levanta en mitad del camino. Parece modificada para funcionar como una torre. Obi-Wan entra a través de una pequeña ventana. Dentro, descubrirá los Super Androides de Batalla construyéndose. De alguna manera, descubre que Poggle está metido en la trama con el Conde Dooku y los Neimoudianos, y que planean crear una vasta armada de Super Androides de Batalla junto con los droides de la Federación.
La República galáctica está en grave peligro... Obi-Wan avisa al Consejo Jedi. En este punto, la República habrá amasado una formidable armada de clones. El Consejo decice mandar cientros de Caballeros Jedi junto con las tropas clónicas, dirigidos por Mace Windu y Yoda hacia el planeta de Poggle para controlar esta peligrosa amenaza.
Obi-Wan también contacta con el canciller Palpatine a través de hologramas, y le informa de sus descubrimientos; le dice al canciller que la guerra es inevitable. Debe mandar las tropas clónicas junto con las fuerzas Jedi hacia Geonosis. Palpatine accede a regañadientes y agradece al valeroso Caballero Jedi por jugarse la vida en esta operación.
Poco sabe Obi-Wan que ha puesto al orden del día al propio ¡Darth Sidious! Palpatine, identificado como Sidious, contacta con Dooku y Poggle por hologramas y les avisa de la presencia de Obi-Wan. Les ordena encontrar al Jedi, atarlo en mitad del ring de combate, y ofrecérselo a los Reeks (criaturas tipo Rancor que andan a cuatro patas).
En los próximos días...
La semilla oscura de Anakin
Asalto a la Nave de Control Droide
Ring de batalla / Mace contra Jango
La batalla continúa / Anakin intenta rescatar a Padmé
Duelo de sables de luz / El Lado Oscuro
La victoria a un precio
La boda de Anakin y Padmé
Enviando las tropas de clones...