La historia empieza con Benjamin Sisko mostrandole a Kasidy Yates la fotografia del terreno que ha comprado en Bajor y donde piensa construirse una casa. Mientras Kasidy ayuda a Sisko con la maqueta de dicha casa el le propone matrimonio lo que ella acepta y empiezan a preparar su boda.
Pero aparece un problema, una vision de los Profetas advierte a Sisko de que ese matrimonio solo le traera pesar y de que una gran prueba se esta preparando para el, Sisko decide casarse aunque sea en contra de la voluntad de los Profetas y boda se celebra apresuradamente pero en ella faltan dos invitados: Worf y Ezri Dax...
La nave de Worf ha sido destruida y Ezri ha ido buscarle en una arriesgada mision y sin el permiso de Sisko. Por fin Ezri logra salvar a Worf y tras un encuentro amoroso son capturados por el Dominion y llevados a Cardasia donde tiene su cuartel general la mujer metamorfica, alli son testigos de la alianza del Dominion con los Breen, una temible raza de guerreros. Ezri y Worf son torturados y condenados a muerte, mientras tanto discuten sobre sus sentimientos el uno por el otro y Ezri le confiesa a Worf que a quien realmente ama es al doctor Bashir,los dos deciden quedar como amigos antes de ser ejecutados,pero en el ultimo momento ocurre algo inesperado, Damar, nuevo lider de los cardasianos, harto del trato que el Dominion esta dando a su pueblo deja escapar a Worf y Ezri con un mensaje para la Federacion: Tienen un amigo en Cardasia...
Mientras tanto en la estacion hay dos nuevos visitantes, Kai Winn ha llegado para celebrar la boda de Sisko, lo que no ha conseguido, un misterioso bajorano solicita hablar con ella, en realidad se trata del propio Gul Dukat disfrazado que pretende ser un enviado de los Profetas. Con su habilidad Dukat logra convencer a Winn de que ella tiene que ser la que lidere la restauracion de Bajor dejando de lado a Sisko. Winn cae en los brazos de Dukat sin saber quien es, pero mas tarde descubre que el misterioso personaje no viene de parte de los Profetas sino de sus enemigos, los Pah-Wraiths... Tras muchas dudas Winn se convece de que los Profetas no han hecho nunca nada por ella y han preferido en su lugar a Sisko: un extranjero, entonces decide ayudar a Dukat a liberar a los Pah-Wraiths de las Cavernas del Fuego en donde estan encerrados desde hace siglos y jura odio eterno al Emisario y a la Federacion... De vuelta en Bajor a donde ha llevado a Dukat, Winn intenta leer el libro prohibido del Kost Amojen donde se encuentran los conjuros para liberar a los Pah-Wraiths, pero el libro esta en blanco y sus letras solo aparecen cuando Winn mata a su asistente que ha descubierto la verdadera personalidad de Dukat. A pesar de que Winn ya conoce que su amante es el asesino de su pueblo decide seguir adelante con sus planes para liderar a Bajor en una supuesta edad de oro lejos de la Federacion,pero el impaciente Dukat intenta tambien leer el libro quedando ciego al momento, entonces es expulsado de su casa por Winn y enviado a mendigar por las calles...
Mientras tanto en la guerra contra el Dominion, la Federacion esta en un momento desesperado. Los Breen han atacado La Tierra y el Defiant ha sido destruido por un arma que anula la energia de las naves.
Sisko comprende que la unica oportunidad es ayudar a Damar que ha empezado en su planeta una revuelta contra el Dominion, entonces envia a Cardasia a Kira acompaņada de Odo y Garak. Durante el viaje Odo recibe una terrible noticia, el tambien esta infectado por la enfermedad que esta afectando a toda su especie y le queda poco tiempo de vida...A su llegada al refugio secreto de Damar y sus amigos Kira no es muy bien recibida ya que a algunos de los cardasianos les parece humillante recibir la ayuda de una bajorana, ademas las tacticas de guerra de guerrillas que Kira aprendio en la resistencia y que intenta enseņar a los cardasianos chocan con los metodos militares de estos, a pesar de todo consiguen algunas victorias y Kira decide dar un gran golpe: apoderarse de una nave de los Breen para que la Flota Estelar pueda estudiar el funcionamiento de su nueva arma,el plan es un exito, pero Odo que ha estado ocultando su enfermedad se halla ya en estado terminal y tiene que ser llevado a DS9 para morir...
Kira ha llevado el arma Breen a DS9, mientras Odo, a punto de morir, le pide que vuelva a Cardasia para seguir ayudando a Damar y su grupo, Kira accede pensando que nunca volvera a ver a Odo...
Pero el doctor Bashir ha descubierto algo terrible, la enfermedad de los metamorficos ha sido creada por la Secion 31, la misteriosa organizacion ultrasecreta de la Federacion, ellos infectaron a Odo para que extendiera la enfermedad a toda su especie y ahora se niegan a darle la cura. Entonces Bashir con la ayuda de O'Brien y de un invento romulano logra introducirse en la mente de Sloan, un agente de la Seccion 31 y robarle el secreto para curar a Odo en el ultimo momento. Odo ha sido curado pero esta furioso por el genocidio que la Seccion 31 ha cometido y la Federacion ha consentido con su pueblo, de todas formas le promete a Sisko que no se tomara la justicia por su mano y le acompaņa en el nuevo Defiant a la batalla final contra el Dominion...
Mientras en Cardasia la situacion de Kira es desesperada, el Dominion ha descubierto el escondite de Damar y ha matado a casi todos sus compaņeros, Kira, Garak y Damar estan atrapados en Cardasia y se esconden en la casa en donde vive la antigua ama de llaves de Garak, alli Damar que se ha convertido en una leyenda para su pueblo alienta a los cardasianos a liberarse del Dominion. Pero el escondite tambien es descubierto y tras librarse por los pelos de ser ejecutados, Kira. Garak y Damar intentan una accion casi suicida: atacar el cuartel general del Dominion en Cardasia. Logran entrar en el pero a costa de la muerte de Damar, que se convierte asi en un heroe...
Mientras tanto en el espacio la batalla contra el Dominion sigue su curso, las tropas romulanas, klingon y de la Federacion sufren grandes perdidas pero cuando los cardasianos deciden por fin cambiar de lado y atacar al Dominion, la batalla cambia de signo, entonces la mujer metamorfica, antes de ser detenida por Kira y Garak ordena el exterminio total de los cardasianos...Sisko logra por fin entrar en contacto con Kira que tiene prisionera a la mujer metamorfica que esta en estado terminal y se niega a ordenar a sus tropas que se rindan, entonces Odo se transporta al planeta y ante la sorpresa de Kira y la desconfianza de Garak se fusiona con la mujer metamorfica curandola de su enfermedad, ella accede a rendirse a condicion de que Odo vuelva a su planeta y cure tambien a los demas miembros de su especie. Odo acepta a pesar de que eso significa separarse de Kira...
En DS9 se organiza una fiesta para celebrar la victoria, Sisko brinda por la mejor tripulacion con la que un capitan ha podido soņar y baila con Kasidy que espera un hijo suyo, pero una vision de los Profetas le interrumpe: Su verdadera prueba como emisario esta a punto de empezar y debe ir a Bajor donde algo terrible esta a punto de suceder en las Cavernas del Fuego...
Kai Winn y Dukat, que ya puede ver, van a las cavernas para liberar a los Pah-Wraith. Mediante un conjuro del libro prohibido un abismo lleno de llamas se abre ante ellos, Winn sirve unas copas de vino, Dukat bebe y muere al momento,ha sido envenenado por Winn que le ha ofrecido como sacrificio a los Pah-Wraith. Winn arroja su manto al fuego y comienza a recitar los conjuros, entonces Dukat reaparece convertido en uno de los Pah-Wraith y se burla de ella dicendole que ha provocado la destrucion de Bajor y de todo el cuadrante Alfa. Sisko llega a la caverna, Dukat le inmoviliza con sus nuevos poderes pero en un momento final de arrepentimiento, antes de ser consumida por las llamas, Winn le dice a Sisko que destruya el libro. Sisko se abalanza con el libro sobre Dukat y caen juntos al abismo, entonces se encuentra junto a los Profetas que le dicen que su mision ha terminado, Bajor esta a salvo de sus enemigos y el se quedara a vivir en el Templo celestial. Mas tarde Sisko se aparece a Kasidy y le promete que volvera algun dia junto a ella
Pero esta no es la unica despedida, las cosas han cambiado mucho en la Galaxia y especialmente en DS9, Worf, que en un momento algido de la guerra mato en duelo al lider klingon Gowron, es nombrado embajador de la Federacion en el imperio y debe dejar la estacion y despedirse de Ezri, ahora ella y Bashir son la nueva pareja de DS9. Garak vuelve a una Cardasia casi destruida. Tambien O'Brien se va de la estacion y vuelve a la Tierra con su familia para dar clases en la academia de la Flota Estelar. Rom,tambien deja la estacion ya que ha sido nombrado nuevo Nagus de los ferengis.Kira acompaņa Odo hasta su planeta donde es testigo de la curacion de los metamorficos y se despide de el para siempre
Ha pasado el tiempo en DS9, Kira esta ahora al mando de la estacion ayudada por Nog que ha sido ascendido a teniente. Bajor se prepara para elegir al nuevo Kai. Quark sigue con sus negocios. Ezri y Bashir viven su amor y planean nuevos holoprogramas recreativos. Una pelota de beisbol olvidada despierta en Kira los recuerdos de Sisko y abrazada a Jake contempla en el espacio el agujero de gusano, el Templo Celestial de los Profetas donde Benjamin Sisko, el Emisario, vive ŋPara siempre?
