La cronología de este tosco edificio medieval queda firme en la segunda mitad del siglo XIII o comienzos del XIV. 

En Andalucía Occidental son muy raros los casos de plantas semicirculares en edificios medievales, entre ellos tenemos el de esta ermita. 

Estuvo dedicada, como su nombre indica, al culto de Santa María Magdalena de donde toma nombre la fuente que hay en sus alrededores. 

En el. año 1759, estaría ya en mal estado de conservación, pues según pone el libro de cuentas de la Hermandad de la Virgen del Amparo: se pagaron 486 reales a peones por sacar los cantos de ésta ermita y trasladarlos al Amparo, razón que nos hace suponer que estaría en muy mal estado y la dejaron derrumbar.