Sobre el primitivo recinto se alzaba tal vez la fortaleza de "al-Quastil" (el castillo), ubicada por los autores árabes con ocasión de la campaña del emir cordobés Muhamad I en el año 860 y posteriormente en el 975, la persecución Ramiro Garcés por el Tuyibi A abd al-Rahman ibn Yahyà después del encuentro de Estercuel.

    El sobrenombre, "Freyto" en el siglo XIII, parece derivar de Fractum (roto). Se mencionan con ocasión de las hostilidades entre cristianos y musulmanes que preludiaron en el siglo IX la formación del reino de Pamplona. No es fiable la noticia de la concesión a sus repobladores del fuero de Medinaceli por el rey Pedro I (1102).

    Era Villa de señorío realengo, cuya pecha anual cifró por "fuero" Sancho VII el Fuerte (1207) en 400 sueldos, más 150 cahíces de trigo y otros tantos de cebada y avena, sin perjuicio de las labores que los vecinos debían prestar en las obras del castillo y en el cultivo de las herades directas de la corona. Teoblado II les entregó (1256) éstas últimas y la hierba de los sotos por un tributo anual de 100 sueldos más 30 cahíces de trigo y otros tantos de cebada, reservándose sin embargo la caza de conejos. Felipe III confirmó (1331) el estatuto acordado por Sancho VII el Fuerte. Carlos II concedió sucesivamente las rentas de la Villa a San Juan de Bearne (1380) Ramonet de Sort (1385) y Beltrán de Lacarra (1387); Blanca y Juan II las pusieron como prenda de la dote de Felipe de Navarra (1430); el príncipe Carlos de Viana dio el lugar en señorío (1447) a Juan de Beaumont; y más tarde los monarcas Catalina y Juan III lo empeñaron al mariscal Pedro de Navarra, pero tornó al matrimonio regio mediante rescate abonado (1513) por los propios vecinos, quienes habían recibido en 1443 derechos de disfrute del término "plana mayor" en la barrera.

    Tras la conquista de Navarra por Fernando el Católico (1512), Murillo el Fruto hubo de mantener una larga lucha política y jurídica para mantener su independencia administrativa. En 1513, cómo ya se indicado, el propio pueblo pago del rescate de su jurisdicción, que los Reyes Juan y Catalina habían empeñado con -Pitillas y Beire-al mariscal Pedro de Navarra.

    Con el rescate, Murillo volvió a ser realengo, y Carlos V lo confirmó en 1552. Pero en 1558 se seguía pleito en la chancillería de Valladolid sobre si los tres pueblos dichos tenían derecho o no al rescate y, en 1679, era señor de Murillo el fruto y Pitillas el mariscal Miguel de Navarra y Mauleón, Marqués de Cortes.

    Ese mismo año se seguía pleito de nuevo, ahora por parte del patrimonio real, en solicitud de rescate de los referidos pueblos. La sentencia fue favorable a esto y quedaron como realengos.

    En 1802,es gobernado, como realengo que era, por un alcalde, que nombra el virrey, y por dos alcaldes regidores que se elegían entre los vecinos. Con las reformas municipales de 1835-1845 quedó como ayuntamiento de régimen común.

    En 1847 había dos escuelas, frecuentadas por 30 niños y 35 niñas con un maestro y una maestra. Contaba con presas sobre el río Aragón para el riego y el puente no se había construido. La Villa tenía una barca que facilitaba el paso del río Aragón. Había buenos caminos para este último, Caparroso, Pamplona y otros puntos.

    Murillo el Fruto creció de manera notable durante todo el siglo XIX y el XX. En la década de los veinte de nuestra centuria contaba con escuela de párvulos, además de aquellas dos, y acababa de construirse un nuevo puente sobre el río.